本学会には，以下の役員が置かれています．

会長（１名），全体委員（３０名），監査（２名），幹事（若干名），委嘱委員（必要数）． この内，会長，全体委員，会計監査は，２年毎に選挙によって選出されています．

本学会には，以下の委員会が設置されています．

＜常置委員会＞
★和文誌編集委員会 　本学会の和文機関誌である『科学史研究』（年４回刊行）の編集を行っています．掲載されている内容は，論文，研究ノート，資料，科学史入門，書評・紹介などです．これらの掲載の採否は，審査（特に論文および研究ノートについては審査者を別途委嘱する）をへて編集委員会が決定しています．

★欧文誌編集委員会 　本学会の欧文機関誌である『Historia Scientiarum』（年２回刊行）の編集を行っています．掲載されている内容は，論文，学会展望，資料，書評などです．これらの掲載の採否は審査をへて編集委員会が決定しています．

★普及委員会 　科学史および技術史の普及をはかるために，科学史学会の会員を講師とした「科学史学校」をほぼ２ヶ月に一回開催し，その企画の策定・運営を行っています．

★財政委員会 　本学会のさまざまな事業の予算・決算の策定，また収入・支出の管理などを行います．

★総務委員会 　本学会の会員登録，会計業務，内外の関連団体との交渉，ニュースレター『科学史通信』や会員名簿などの編集・刊行，また，他の委員会，支部・分科会と連携して，本学会の事業運営全般にわたって学会業務を担当し，学会事務局の運営にあたっています．

★アーカイブズ委員会 　科学史・技術史関係の文献データを収集し，データベース「科学技術史関係日本文献目録」等の維持・管理のために設置されています．

★研究倫理委員会

＜特別委員会＞

★学会賞選考委員会 　日本科学史学会が年1回（春の総会時に発表）実施する，学術賞，学術奨励賞，論文賞，学会特別賞について，公募，審査，発表までを行う委員会です．

★他学会連携・企画委員会 　他学会との連携事業や企画を担当する委員会です．

＜その他の委員会＞

★年総会準備委員会 　毎年開催される年会および総会の準備・運営にあたるため，開催地に設置されます．

★選挙管理委員会 　本学会は２年毎に会長，全体委員，監査の役員選挙を行いますが，その選挙管理をおこないます．選挙管理委員は，次期役員の任期が始まる総会の前年の総会において選出され，選挙管理委員会を構成します．構成人数は５名です．

＜現在の主な役員(2023年度)＞
会長　　木本忠昭（元東京工業大学）
総務委員会　委員長　岡田大士（中央大学）
和文誌編集委員会　委員長　樋口敏広（京都大学）
欧文誌編集委員会　委員長　三村太郎（東京大学）
財政委員会　委員長　河村豊（元東京工業高等専門学校）
普及委員会　委員長　小島智恵子（日本大学）
研究倫理委員会　委員長　岡本拓司（東京大学）
アーカイブズ委員会　委員長　住田朋久
他学会連携・企画委員会　委員長　杉本舞（関西大学）