<1940年代>
1941年4月22日 発会式（午後 5時～9時すぎ 学士会館）
1942年5月30日 第2回年会（神田一ッ橋学士会館大食堂）
1943年4月17日 第3回年会（大東亜会館）
1944年～1947年には開催されなかった
1948年4月24日 総会（通算第4回総会）（日本医師会館）
1949年5月28日 1949年度[第5回]総会（中央気象台中村記念館）
1950年5月13日 1950年度[第6回]総会（中央気象台中村記念館）
＜1950年代＞
1951年4月28日 1951年度[第7回]総会（中央気象台中村記念館）
1952年4月26日 1952年度[第8回]総会（中央気象台中村記念館）
1953年4月23日 1953年度[第9回]総会（中央気象台中村記念館）
1954年5月8～9日 1954年度総会・第1回年会（中央気象台中村記念館）
1955年5月4～5日 1955年度総会・第2回年会（東京大学山上会議所／工学部）
1956年5月5～6日 1956年度総会・第3回年会（早稲田大学文科系大学院講堂）
1957年5月3～5日 1957年度総会・第4回年会（立教大学理学部）
1958年5月3～5日 1958年度総会・第5回年会（早稲田大学小野梓記念講堂）
1959年5月9～10日 1959年度総会・第6回年会（東京工業大学第１会議室）
1960年5月2～4日 1960年度総会・第7回年会（神戸大学御影学舎）
＜1960年代＞
1961年5月5～7日 1961年度総会（創立20周年）・第8回年会（東京女子大学）
1962年5月4～6日 1962年度総会・第9回年会（九州大学教養部、医学部中央講堂）
1962年7月7日 臨時総会（日本大学理工学部 5号館601号室）
1963年5月4～5日 1963年度総会・第10回年会（東京理科大学）
1964年5月4～5日 1964年度総会・第11回年会（名古屋大学理学部）
1965年4月24日 1965年度総会（科学博物館理工学館4階階段教室）
1965年7月10日 第12回年会（東北大学教養部）
1966年5月14～15日 1966年度総会・第13回年会（京都大学）
1967年5月13～14日 1967年度総会・第14回年会（国立科学博物館 2号館4階講義室）
1968年6月1～3日 1968年度総会・第15回年会（北海道大学工学部新館大講義室）
1969年5月3～4日 1969年度総会・第16回年会（東京大学生産技術研究所）
1970年5月2～3日 1970年度総会・第17回年会（桃山学院大学昭和町学舎）
＜1970年代＞
1971年5月2～3日 1971年度総会・第18回年会（専修大学神田校舎）
1972年5月13～14日 1972年度総会・第19回年会（南山大学）
1973年5月5～6日 1973年度総会・第20回年会（富士短期大学）
1974年5月11～12日 1974年度総会・第21回年会（東洋大学工学部）
1974年8月19～27日 第14回国際科学史会議（東京、京都）
1975年6月7～8日 1975年度総会・第22回年会（同志社大学）
1976年5月29～30日 1976年度総会・第23回年会（山口大学教養部）
1977年6月4～5日 1977年度総会・第24回年会（早稲田大学）
1978年6月3～4日 1978年度総会・第25回年会（北海道大学工学部）
1979年6月9～10日 1979年度総会・第26回年会（専修大学神田校舎）
1980年5月31日～6月1日 1980年度総会・第27回年会（広島大学総合科学部）
＜1980年代＞
1981年5月30～31日 1981年度総会・第28回年会（群馬大学工学部）
1982年5月29～30日 1982年度総会・第29回年会（富山大学教育学部、経済学部）
1983年5月28～29日 1983年度総会・第30回年会（東京工業大学第4新館）
1984年6月2～3日 1984年度総会・第31回年会（京都大学教養部・京大会館）
1985年6月1～2日 1985年度総会・第32回年会（立正大学大崎校舎）
1986年5月24～25日 1986年度総会・第33回年会（名古屋大学教育学部）
1987年6月6～7日 1987年度総会・第34回年会（東京大学教養学部）
1988年6月18～19日 1988年度総会・第35回年会（北海道大学学術交流会館）
1989年5月27～28日 1989年度総会・第36回年会（関西大学千里山学舎第3学舎・ 会館）
1990年5月12～13日 1990年度総会・第37回年会（中央大学駿河台記念館）
＜1990年代＞
1991年4月20日 日本科学史学会創立50周年記念講演会（中央大学駿河台記念館）
1991年6月8～9日 1991年度総会・第38回年会（筑波大学第一学群）
1992年5月30～31日 1992年度総会・第39回年会（東北大学文科系中講義棟・仙台国際センター）
1993年5月29～30日 1993年度総会・第40回年会（東海大学湘南校舎）
1994年5月28～29日 1994年度総会・第41回年会（立命館大学衣笠キャンパス）
1995年6月3～4日 1995年度総会・第42回年会（日本大学農獣医学部藤沢キャンパス）
1996年5月25～26日 1996年度総会・第43回年会（徳島文理大学徳島校）
1997年5月31、6月1日 1997年度総会・第44回年会（青山学院女子短期大学）
1998年5月30～31日 1998年度総会・第45回年会（愛知大学豊橋校舎）
1999年5月22～23日 1999年度総会・第46回年会（拓殖大学文京キャンパス）
2000年5月20～21日 2000年度総会・第47回年会（桃山学院大学）
＜2000年代＞
2001年4月21日 日本科学史学会創立60年記念会（神田一ッ橋学士会館）
2001年5月26～27日 2001年度総会・第48回年会（早稲田大学西早稲田キャンパス・戸山キャンパス）
2002年5月25～26日 2002年度総会・第49回年会（金沢大学角間キャンパス）
2003年6月7～8日 2003年度総会・第50回年会（神戸大学鶴甲キャンパス）
2004年5月29～30日 2004年度総会・第51回年会（東京工業大学大岡山キャンパス）
2005年6月4～5日 2005年度総会・第52回年会（北海道開拓記念館）
2006年5月27～28日 2006年度総会・第53回年会（東洋大学白山校舎）
2007年5月26～27日 2007年度総会・第54回年会（京都産業大学）
2008年5月24～25日 2008年度総会・第55回年会（電気通信大学）
2009年5月23～24日 2009年度総会・第56回年会（九州大学箱崎キャンパス）
2010年5月29～30日 2010年度総会・第57回年会（東京海洋大学品川キャンパス）
＜2010年代＞
2011年5月28～29日 2011年度総会・第58回年会（東京大学駒場キャンパス）
2012年5月28～29日 2012年度総会・第59回年会（三重大学)
2013年5月25～26日 2013年度総会・第60回年会（日本大学商学部）
2014年5月24～25日 2014年度総会・第61回年会（酪農学園大学）
2015年5月30～31日 2015年度総会・第62回年会（大阪市立大学杉本キャンパス）
2016年5月28～29日 2016年度総会・第63回年会（工学院大学新宿キャンパス）
2017年6月3～4日 2017年度総会・第64回年会（香川大学教育学部）
2018年5月26～27日 2018年度総会・第65回年会（東京理科大学葛飾キャンパス）
2019年5月25～26日 2019年度総会・第66回年会（岐阜大学）
2020年5月30～31日 2020年度総会・第67回年会（国士舘大学）現地開催中止・郵送による総会と要綱集刊行による年会実施。
<2020年代>
2021年5月22～23日 2021年度総会・第68回年会（神戸大学、オンライン）